はい、影響する可能性があります。
住宅ローンの支払いが婚姻費用の算定において考慮されるのは、夫（義務者）が住宅ローンを支払っている不動産に、妻（権利者）が居住している場合です。
通常、住宅ローンの支払いは、夫自身の借金返済であり、資産形成の一環と捉えられるため、原則として婚姻費用の計算には考慮されません。
しかし、夫がローンを支払っている家に妻が住んでいる場合には、妻は住居費の負担を免れている状態にあるため、このような一方的な利益享受による不公平を是正する観点から、例外的に住宅ローンの支払いが婚姻費用算定に反映されることがあります。
なお、妻が実家などに住んでおり、住居費を支払っていない場合でも、それが夫の負担によるものではない限り、住宅ローンのような考慮要素とはならず、婚姻費用の減額事由とは評価されません。
また、夫が住宅ローンに加えて自らの住居の家賃も負担している、いわゆる「二重負担」の状況についても、現在の家庭裁判所実務では住宅ローンを考慮する際の必須条件とはされていません。